Dès son institution en 1831, la Fondation a géré les fonds légués par le Major Général Claude Martin,
ainsi que ceux des généreux donateurs qui l'imitèrent.
Elle avait pour mission l'administration totale de l'Ecole, garçons et filles, elle établissait son propre budget et le soumettait au Conseil Municipal, nommait à tous les emplois, arrêtait les plans d'études et les programmes de son enseignement, etc.
Depuis 1926, année où La Martinière est devenue Ecole Nationale professionnelle, les membres de cette Commission, bénévoles, et mandatés par le Conseil Municipal, n'ont plus pour fonctions que la gestion des biens immobiliers et mobiliers de la Fondation et l'affectation de leurs revenus sous diverses formes en faveur des élèves.
La Commission veille également au maintien du renom de la Martinière.